Reproducible Research에 대한 포스팅입니다.
이게 뭔지? 어떻게 하는 것인지? 이런 것들에 대한 내용입니다.
Reproducible Research는 연구나 분석을 할 때 사용한 코드, 데이터, 리포트를 한꺼번에 넣어서 다른 사람들이 받으면 그대로 재현이 가능하도록 하게 배포하고 공유하자는 계몽운동입니다.
어헐… 리서치 분야의 새마을운동인가?
사실 히스토리는 꽤 오래되었습니다. 17세기 부터라고 하는데 그 시대 사람이 아니어서 모르겠구요.
제가 알고 있는 최근 관련 사건은 2006년 Duke 대학의 논문(암세포 관련) 사건인데, 배포된 논문을 재현하는데 시간이 너무 걸려서 문제점을 나중에야 발견했고 그 사이에 그 논문을 근거로 시작한 연구 5개가 졸지에 중단된 사건입니다.
코드와 데이터와 리포트를 한꺼번에 배포하는 것이라고 했는데.
그러면 “Reproducible Research는 코드하고 데이터하고 PDF를 한꺼번에 압축해서 주면 되는거네?” 라고 생각할 수 있습니다.
그렇게 하는 사람도 아직 많습니다. ^^. 하지만 핵심요체는 이런걸 더 쉽게 하자는 것이고 피드백도 쉽게 받을 수 있어야 한다는 것입니다.
Reproducible Research는 소프트웨어 구현체를 위한 개발소스를 배포하는 것에 대한 것이 아닙니다. 단편적인 예로 논문을 배포할 때 논문에 사용한 코드와 데이터와 설명을 한꺼번에 배포하는 것 정도로 이해하면 빠를 것 같습니다.
압축파일로 전달하거나 하는 것은 완전히 종료된 연구결과는 그렇게 해도 되겠지만 어떤 것들은 자신의 연구 결과물도 계속 고쳐나갈 수도 있기 때문에 그렇게 하면 번거롭습니다. 그래서 코드를 계속 형상관리하고 자동으로 생성해서 배포하려고 많이 합니다.
우선 하기전에 몇가지 의문에 대해서 살펴보면…
어느 분야에서 쓰는 것이냐?
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연구소, 아카데미 등 학술쪽이 메인입니다.
각종 논문 양산소들
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데이터 분석
굉장히 좋습니다.
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데이터 사이언스
설마 데이터 사이언스가 주구장창 구현체 개발만 하는 것이 아니라면…
꼭 논문을 쓰거나 어떤 연구소에서 연구를 하는데만 쓰는 것은 아닙니다. 메인이 그쪽이이긴 하지만 인터넷기반의 온라인의 발달로 R&D쪽과 관련이 있다면 모두 해당됩니다.
흐름상 꼭 해야 하는 거야?
남들이 한다고 다 따라할 필요는 없다고 봅니다만 흐름이 있는 것은 분명합니다. 꼭 해야 하는 것은 아니지만 어느덧 많은 사람들이 자기의 연구결과나 분석결과를 온라인에 배포하는 것이 일상화되었습니다.
내 피땀어린 연구물을 왜 배포 하나?
- 첫번째는 Personal Branding 이유가 많아 보입니다. 어필하는 것이지요. 개인을 상품화
- 두번째는 연구물을 공유해서 다른 사람들의 피드백을 받음으로써 자기 발전에도 도움이 된다고 생각하는 것입니다
- 세번째는 논문 점수… 패쓰!
개인의 취향이고 하기 싫으면 안해도 되지만 추세는 배포해서 검증도 받고 성과도 알리는 것입니다. 일종의 자신감 표현일 수도 있고 우물안 개구리로 살지 않겠다는 생각일 수도 있겠구요.
배포를 걱정하는 이유가 내가 고생해서 연구한 것을 왜 남에게 거저 주느냐? 라는 이유일텐데요. 자신의 연구 결과물이 매우 좋다면 배포를 당연히 하지 않겠지요. 하지만 그런 뛰어난 결과물을 만드는 경우가 얼마나 될까요?
내 연구물은 약간의 불가피한 어쩔수 없이 안타깝고 애절한 이유로 조작을 했기 때문에 다른 사람들이 절대 재현해서는 안돼! 아~ 님! 그러시면 안돼요!
Reproducible Research에 필요한 것
온라인 IT활용능력이 필요합니다. 압축파일을 USB에 담아서 주는 세상이 어느덧 지나버린 것 같습니다.
형상관리 또는 코드 보관용 스토리지
보통 리서치를 전문으로 하시는 연구원들을 보면 연구성과물의 백업에 대해 예민한데요. 당연한것 이 성과물이 날아가면 인생이 과거로 회귀하기 때문입니다.
지능은 그대로 나이는 젊어지는 그런 회귀가 아니라 나이는 그대로 성과는 예전으로 돌아가는 회귀. @.@
보통 Reproducible Research에서는 온라인 소스코드 레파지토리를 많이 사용합니다.
물리백업은 외장하드를 여러개 사용하시던지 스토리지를 쓰시던지 각자의 방법이 있잖아요?
많이 발견되는 순서대로 보면
- Github: 공짜인데 private은 돈 받아요
- Bitbucket: 공짜인데 private 1개 공짜. 추가는 돈 받아요
- Dropbox: 형상관리는 아니지만 물리백업의 위험을 최소화하기 위해서
- 기타: 찾아보면 더러 있습니다.
private repository는 남들에게 안 보이게 숨기는 레파지토리입니다.
온라인을 사용하는 이유는 링크만 던져줘도 자료를 쉽게 공유할 수 있기 때문입니다. 게다가 삭제해도 복원이 가능하고 매우 안정적입니다. 대신 형상관리 소프트웨어를 사용하는 방법을 익혀야 하겠지요. SVN, CVS, GIT 등을 잘 쓰신다면 문제가 별로 없습니다.
살펴보면 대체로 Github을 많이 쓰는 것 같습니다.
형상관리를 회사나 연구소내에서 따로 구축해서 사용하는 경우도 많은데요 백업이나 관리가 잘 되야 하겠지요. 자료를 찾아 보시면 구축하는 방법등이 잘 나와 있습니다.
내부 형상관리가 통째로 날아가면 연구소 폐쇄 또는 폐업… 하지는 않더라구요.
데이터 배포용 레파지토리
연구물을 배포할 때 코드와 함께 사용한 데이터를 같이 주어야 하는데요. 알고리즘을 만들거나 분석기법을 만들거나 응용 분석을 하거나 해도 사용한 데이터가 있을 것입니다.
포함해야 하는 이유는 다른 사람이 재현을 해야하기 때문입니다. 코드만 가지고는 정확히 재현이 안되니까요.
데이터를 배포하는 방법은 크기나 데이터의 출처에 따라 배포하는 방식이 달라집니다.
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데이터의 사이즈가 매우 작은 경우
코드에 넣어 줍니다. 코드에 변환해서 넣는 것이 대부분 가능합니다. 최근에는 데이터들의 크기가 커지기 시작하면서 이 방법은 점점 어렵게 되고 있습니다.
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데이터가 오픈데이터인 경우
오픈데이터는 공개된 곳의 링크를 걸어주면 됩니다. 보통 코드내에서 자동으로 오픈데이터를 긁어오게 만들어 코드를 작성합니다.
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데이터가 매우 크고 오픈데이터가 아닌 경우
웹사이트에 올리거나 Dropbox같은 클라우드 스토리지로 공유합니다. Dropbox외에도 Google Drive라든가 One Drive라든가 여러가지가 많습니다. 대부분 기본 용량은 공짜이고 용량 추가는 비용 지불입니다.
Reproducible Research 작성도구
분석 도구라면 뭐든지 가능하지만 우선 특화된 UI가 있는 분석툴들은 어렵습니다. R, Python, SAS, Matlab은 가능할 것입니다.
Excel로도 하긴합니다만 불편하더군요. 나 퀀트여서 C++, Excel만 하는데? 네.. 알아서 잘!
보통 R을 많이 사용하는 것을 볼 수 있는데요.
이유는 보통 이렇습니다.
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공짜입니다.
받아보는 사람이 결과물을 보기 위해서 소프트웨어를 구매해야 한다면 힘드니까요. 나 오라클에 SQL로 코드짜고 연구했어. 그래서 내가 너에게 오라클 라이센스를 주마! 네! 님짱!
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코드가 간결하고 분석이나 리서치하기에 편합니다.
원래 그런 용도로에 많이 특화되어 있습니다. 나 perl로 무지 간결하게 짤 수 있는데 대신 난독화가 심해져서 읽는 것은 너의 능력문제야! 네! 님짱!
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코드와 설명을 함께 넣어 리포트를 쉽게 만들 수 있습니다.
Sweave나 Knitr같은 패키지로 쉽게 가능합니다. 코드에 주석으로 설명을 적기에는 너무 부담도 크고 할일도 많지요. 보고서나 논문 형태로 포맷팅을 쉽게 할 수 있습니다.
분석결과물이 코드와 데이터만 있는 것이 아니라 설명이 들어 있어야 하는데요. 보통 논문같은 형식이나 보고서 형식을 생각하시면 됩니다. 코드와 데이터만 덜렁 주지는 않습니다.
이정도 코드는 알아보겠지? 하실 수도 있겠지만 간단한 것을 제외하고 내가 만든 알고리즘이나 데이터 분석 절차와 대응 방법을 받는 사람이 쉽게 이해하기 어려우니까요.
참고로 위의 요소를 만족하는 도구로 대안은 Python, Ruby가 있습니다. 그 이유가 전부인 것은 아니지만 저런 이유도 있어서 데이터 사이언티스트가 많이 쓰는 도구로 Python, R이 상위권이기도 합니다.
Reproducible Research 배포처
준비를 다 했다면 배포할 곳이 필요합니다.
헐 @.@ 나는 누군가? 지금까지 뭘 했는가?
학회에 논문 제출?도 하겠지만 그 외는 온라인 커뮤니티에 배포를 많이 하게 되는데요. 커뮤니티에 배포를 하더라도 링크를 주고 링크를 누르면 어떤 사이트로 이동해서 결과물을 보게 하는데요. 그래서 결국 웹사이트가 필요합니다.
네. 도메인따고. 호스팅받고. 설치하고. 세팅하고. 하고. 하고. 하고…
웹블로그는 공짜가 많습니다. 괜찮은 것 하나를 선택해서 쓰면 됩니다. 도메인을 구매해서 연결하는 것도 좋습니다.
많이 쓰는 것으로는 다음과 같은 것들이 있습니다.
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WordPress 또는 다른 블로그
Tumblr나 Scriptogr.am 등 많습니다만 WordPress가 가장 만만해요. 공짜로 도메인 연결도 해주는 곳이 많습니다.
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Github
웹페이지를 볼 수 있게 지원합니다. 공짜로 도메인 연결도 가능해요. 다른 것들도 있습니다만 Github이 가장 만만해요.
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개인 웹사이트
생각보다 많습니다. 클라우드를 이용해서 쉽게 구축하는 서비스를 제공하는 곳도 많습니다.
이런 추세는 R로 Reproducible Research를 하는 사람들의 트렌드때문인데요. R의 Knitr가 WordPress로 리포트를 배포하는 기능을 지원하기 때문입니다. Rmarkdown을 작성해서 배포하면 WordPress로 플롯과 코드와 설명이 모두 배포됩니다.
Github을 이용하려면 HTML 코드를 작성해서 업로드 해야 하는데 Knitr, Jekyll 조합으로 가능합니다. 요건 설정하기가 조금 까다롭습니다.
많이 알려진 플로우
Reproducible Research는 R 사용자들이 많이 주도하고 있는 상황이라서 R과 관련된 것이 아직까지는 대부분입니다.
많이 쓰는 플로우입니다.
- R과 Rstudio를 설치합니다.
- Rmarkdown이나 Sweave 형식으로 작성합니다.
- 작업하면서 소스코드를 계속 형상관리에 저장합니다.
- Github, Bitbucket, …
- 사용한 데이터는 오픈 스토리지에 올려 놓습니다.
- Dropbox, One Drive, Google Drive, Drive.., Drive.., …
- 리포트를 빌드합니다.
- 잘되는지 확인해야 합니다.
- 배포합니다.
- WordPress로 배포
- 또는 Jekyll로 빌드해서 Github에 Push
Reproducible Research 준비가 사실 번거롭고 할 일이 많습니다. 그런데도 하는 사람이 많은 것을 보면 신기하기도 합니다. 이 유행이 언제까지 일지는 모르겠지만 제 생각에는 그래도 앞으로도 당분간은 계속 될 것 같습니다.
세상이 너무 빨리 바뀌고 있네요.
